离开后，他的部队遭遇清军围追堵截，被迫冒险渡过大渡河以求生存。然而，命运并不眷顾他们。第一次过河时突遇洪水，近千将士惨死，石达开悲痛欲绝。第二次尝试时又遇暴雨，他意识到继续渡河只会带来更大灾难，最终不得不放弃。部队粮尽弹绝，士兵疲惫不堪，而清军却从容不迫地围剿。石达开明白自己无路可逃，为了保护家人免受羞辱，他决定让家人自尽。他的妻子抱着儿子投河自尽。石达开本想让全家随他而去，但最终在部下劝说下，只留下一个名叫石定基的孩子，并交由部下带去突围。
关于石定基的命运，有两种说法：一种认为他幸存并繁衍至今，另一种则称他在突围中死亡，现今所谓的后代是假冒的，真相至今难以考证。值得一提的是，石达开确实有一支明确可考的血脉延续至今，在广西平治村已有百余人后代聚居，成为一个以石达开后人为主的村落，这个村落曾在网络上引起关注。
历史记载中，石达开曾路过广西，看望居住在当地的姑妈，并带了两个孩子，希望孩子能拜见长辈。这两个孩子聪明可爱，深得姑妈喜爱，于是石达开将他们托付给姑妈抚养。在乱世中，这一安排为孩子的生存提供了保障。后来，清军也曾试图追查石达开的后代，甚至查到这个村子，但村民们守口如瓶，成功保护了石达开的血脉。
如果石达开在临终前知道自己还有后代留存，或许会心怀宽慰，露出会心一笑。
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